根据改革方案，国务院正部级机构减少8个，副部级机构减少7个。除国务院办公厅外，国务院设置组成部门为26个。改革着重推进重点领域和关键环节的机构职能优化和调整，提高政府执行力。
方案提出，组建自然资源部。不再保留国土资源部、国家海洋局、国家测绘地理信息局。
国务委员王勇在第十三届全国人民代表大会第一次会议作关于国务院机构改革方案说明时表示，自然资源部主要职责是，对自然资源开发利用和保护进行监管，建立空间规划体系并监督实施，履行全民所有各类自然资源资产所有者职责，统一调查和确权登记，建立自然资源有偿使用制度，负责测绘和地质勘查行业管理等。
全国人大代表、湖北省黄石市市长董卫民说，自然资源部门的组建，将解决自然资源所有者不到位、空间规划重叠等问题，实现山水林田湖草整体保护、系统修复、综合治理。
说明指出，生态环境部的主要职责是，制定并组织实施生态环境政策、规划和标准，统一负责生态环境监视测定和执法工作，监督管理污染防治、核与辐射安全，组织并且开展中央环境保护督察等。
全国人大代表、天津市宁河区委书记王洪海说，生态环境保护过去存在职责分散，各类污染排放监管和行政执法职责难以统一的问题。改革方案从大环境大生态大系统入手，能确保持续用力打赢污染防治攻坚战。
说明指出，新组建的农业农村部主要职责包括，统筹研究和组织实施“三农”工作战略、规划和政策，监督管理种植业、畜牧业、渔业、农垦、农业机械化、农产品质量安全，负责农业投资管理等。
全国人大代表、河南省济源市市长石迎军说，改革把过去分散的涉农项目和管理职责进行整合，推动农业全面升级、农村全面进步、农民全面发展。
方案提出，组建国家卫生健康委员会。保留全国老龄工作委员会。不再保留国家卫生和计划生育委员会。不再设立国务院深化医药卫生体制改革领导小组办公室。
说明指出，国家卫生健康委员会主要职责是，拟订国民健康政策，协调推进深化医药卫生体制改革，组织制定国家基本药物制度，监督管理公共卫生、医疗服务、卫生应急、负责计划生育管理和服务工作，拟订应对人口老龄化、医养结合政策措施等。
全国政协委员、华中科技大学同济医学院附属协和医院院长胡豫说，改革有助于树立大卫生、大健康理念，推动健康中国战略实施，把过去分散在医疗、民政等部门的养老看护保健等职能整合，应对人口老龄化挑战。
方案提出，组建应急管理部。中国地震局、国家煤矿安全监察局，由应急管理部管理。不再保留国家安全生产监督管理总局。
说明指出，应急管理部的职责最重要的包含，指导各地区各部门应对突发事件工作；建立灾情报告系统并统一发布灾情，统筹应急力量建设和物资储备并在救灾时统一调度；公安消防部队、武警森林部队转制后，与安全生产等应急救援队伍一并作为综合性常备应急骨干力量，由应急管理部管理。
中国人民大学法治与社会治理研究中心执行主任王旭教授表示，改革健全了社会公共安全体系，在面临灾害时更加及时有效地调动各项资源，快速实现上下联动，提高防灾减灾和救灾的能力，为保障人民群众生命财产安全和社会稳定提供更坚强的力量。
方案提出，将科学技术部、国家外国专家局的职责整合，重新组建科学技术部。国家自然科学基金委员会改由科学技术部管理。
说明指出，科学技术部的主要职责是，拟定国家创新驱动发展的策略方针和科技发展、基础研究规划和政策并组织实施，统筹推进国家创新体系建设和科技体制改革，组织协调国家重大基础研究和应用基础研究，编制国家重大科学技术项目规划并监督实施，牵头建立统一的国家科技管理平台和科研项目资金协调、评估、监督管理机制，负责引进国外智力工作等。
天津中德应用技术大学党委书记张兴会说，重新组建科学技术部，可以优化配置科技资源，建设科学技术创新人才队伍，进一步释放创新的强大活力，有助于加强国家创新体系建设。
方案提出，组建国家市场监督管理总局。不再保留国家工商行政管理总局、国家质量监督检验检疫总局、国家食品药品监督管理总局。
说明指出，国家市场监督管理总局的主要职责是，负责市场综合监督管理，统一登记市场主体并建立信息公示和共享机制；承担反垄断统一执法；组织实施质量强国战略等。
全国人大代表、上海社会科学院副院长张兆安说，组建国家市场监督管理总局，能更加进一步推进市场监管综合执法，加强产品质量安全监管，让人民群众买得放心、用得放心、吃得放心。
方案提出，将中国银行业监督管理委员会和中国保险监督管理委员会的职责整合，组建中国银行保险监督管理委员会。不再保留中国银行业监督管理委员会、中国保险监督管理委员会。
说明指出，中国银行保险监督管理委员会的主要职责是，按照法律法规统一监督管理银行业和保险业，维护银行业和保险业合法、稳健运行，防范和化解金融风险，保护金融消费者合法权益，维护金融稳定。
交通银行首席经济学家连平说，银监会、保监会合并后，可以有很大成效避免监管漏洞和监管重叠。在制定金融机构的风控标准时，可以更好地协调统一，有助于筑牢防范金融风险的安全底线
公共服务：组建退伍军人事务部、国家移民管理局、国家医疗保障局，加强不同群体不相同的领域的精准服务与保障
说明指出，退伍军人事务部的主要职责是，拟订退伍军人思想政治、管理保障等工作政策法规并组织实施，负责军队、复员干部、退休干部、退役士兵的移交安置工作以及指导全国拥军优属工作等。国家移民管理局的主要职责是，协调拟订移民政策并组织实施，负责出入境管理、口岸证件查验和边民往来管理、外国人停留居留管理等。国家医疗保障局的主要职责是，拟订医疗保险、生育保险、医疗救助等医疗保障制度的政策、规划、标准并组织实施，监督管理相关医疗保障基金，完善国家异地就医管理和费用结算平台等。